A "última" Iugoslávia

A Iugoslávia foi então renomeada para a República Federal da Iugoslávia, e até tentou ser a sucessora legal da antiga Iugoslávia, porém os membros da Organização do Tratado do Atlântico Norte (OTAN), não a reconheceram como tal. A ONU, assim como muitos países, inicialmente se recusaram a reconhecer a federação da Sérvia e Montenegro como a sucessora da República Socialista Federativa da Iugoslávia, embora reconhecessem-a como um Estado independente.

A Guerra Civil que havia mantido com a Bósnia desde o início da década terminou em 1995, com o Acordo de Dayton, assinado por Slobodan Milošević, Franjo Tudjman e Alija Izetbegović.

Em um referendo realizado no Montenegro em 1992, 95,66% dos votos foram a favor da manutenção do vínculo com a República Federal da Sérvia. A participação nestas eleições foi de apenas 66%, o que indica o boicote por minorias muçulmanas e católicas, assim como cidadãos que apoiaram a independência. Esses setores se queixaram que o referendo foi organizado em condições antidemocráticas e que o governo central era responsável pelo acompanhamento da campanha eleitoral.

Em 1996, sob a presidência de Milo Đukanović, as relações entre as duas repúblicas agravaram-se (a despeito das mudanças políticas que estavam a ocorrer Sérvia). Como resultado, a liderança política do Montenegro decidiu estabelecer uma política econômica independente, e introduzir o marco alemão como moeda oficial (moeda seria substituída mais tarde pelo euro).

Guerra do Kosovo (1996-1999)

Desde o final da Guerra da Bósnia, aumenta a tensão entre os kosovares albaneses e os sérvios do Kosovo. Em janeiro de 1998, iniciam-se confrontos entre as forças sérvias e os guerrilheiros do Exército de Libertação do Kosovo (ELK). Os albaneses passam a fazer uma guerra de guerrilha visando à independência e a expulsão dos sérvios da região. Milošević nega-se a outorgar o direito de autonomia aos albaneses, suprimido em 1989, e intervêm na província visando a repressão do terrorismo albanês. A OTAN, a União Europeia e os Estados Unidos alegam que os albaneses estão sendo vítimas de uma limpeza étnica e condenam a repressão dos kosovares albaneses.

Queda e prisão de Milošević

Em maio do mesmo ano, quando a guerrilha já controla cerca de 40% do país, Milošević concorda em negociar com os kosovares. No ano seguinte, Estados Unidos e União Europeia forçam os dois lados a retomar negociações na Conferência de Rambouillet. A Iugoslávia rejeita a proposta de maior autonomia para a província seguida pelo envio de uma força de paz internacional. A comunidade internacional apoia uma maior autonomia, ao contrário da procura dos albaneses kosovares pela independência. Mas a pressão internacional cresceu sobre o homem forte sérvio, Slobodan Milošević, para pôr fim à escalada de violência na província. As ameaças de ação militar do Ocidente sobre a crise culminou com o lançamento de ataques aéreos da OTAN contra a Igoslávia em Março de 1999, o primeiro ataque contra um país soberano europeu na história da aliança. Os ataques concentraram-se principalmente contra alvos militares no Kosovo e na Sérvia, mas alargaram a um vasto leque de outras localidades, incluindo pontes, refinarias de petróleo, fontes de alimentação e comunicações.

A perseguição étnica sofridas por civis durante a guerra, levaram à criação de um Tribunal Internacional de Haia para julgar crimes de guerra. Kosovo foi administrado pela Organização das Nações Unidas (ONU), e embora tenha sido formalmente parte da Sérvia, era esperado para conceder-lhe o plebiscito de independência futura.

Em setembro de 2000, o presidente Slobodan Milošević convocou eleições. Nesse momento o país sofria com as sanções impostas pelo Ocidente, e milhares de sérvios estavam vivendo em pobreza absoluta. Quando Milošević se recusou a reconhecer a vitória do líder da oposição, Vojislav Kostunica, centenas de milhares de pessoas saíram às ruas das grandes cidades iugoslavas em protesto e uma greve geral paralisou o país. A era do regime autoritário de Slobodan Milošević terminou quando milhares de iugoslavos invadiram o parlamento, em Belgrado. Milošević é afastado do poder. No mesmo ano, a Iugoslávia foi finalmente readmitida na ONU, depois de anos de suspensão. Por outro lado, sob pressão interna, o governo finalmente decidiu enterrar o nome de Iugoslávia.

Em janeiro de 2001, são restabelecidas as relações da Sérvia com a Albânia e em abril o ex-presidente Slobodan Milošević é preso, acusado de corrupção e abuso de poder. O presidente norte-americano George W. Bush impõe a extradição de Milošević para o Tribunal de Haia, como condição para a liberação de ajuda financeira para a reconstrução da Sérvia. Horas depois da autorização para a extradição, no dia 28 de junho, os Estados Unidos, a União Europeia e o Banco Mundial se comprometem a dar 1280 milhões de dólares para a Sérvia.

República Sérvia e Montenegro (2003-2006)

Em 2002, os governos das duas entidades que compõem a federação chegaram a um novo acordo com o objetivo de melhorar a cooperação entre os dois. Em 4 de fevereiro de 2003 aprovou-se uma nova Constituição, e o Estado foi reestruturado, também mudou seu nome para "Sérvia e Montenegro", assim com o patrocínio da União Europeia, a Iugoslávia desapareceu formalmente dos mapas. No entanto, vários grupos começaram a pressionar pela independência de Montenegro, que foi aprovado através de um plebiscito realizado em 21 de maio de 2006 por 55,5% dos eleitores. Finalmente, o Parlamento de Montenegro proclamou a independência do Estado em 3 de junho de 2006, efetivamente dissolvendo o último vestígio da antiga Iugoslávia. O estado foi reconhecido em dias subsequentes por vários estados do mundo, incluindo a Sérvia em 15 de junho, finalmente ingressou como 192.º membro da ONU em 28 de Junho.